La Oficina de Auditoría Interna tiene el objetivo de verificar el cumplimiento de las políticas y normas relacionadas con las operaciones administrativas, técnicas y financieras que se realizan en el INE, mediante un sistema de control posterior y de gestión a fin de recomendar los correctivos pertinentes, y así cumplir con las funciones de control estipuladas en la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República para los Institutos Autónomos.
Están adscritas a la Oficina de Auditoría Interna la Coordinación de Control Posterior y de Gestión y la Coordinación de Determinación de Responsabilidades.
Coordinación de Control Posterior y de Gestión
Tiene el objetivo de verificar la legalidad, exactitud y sinceridad de las operaciones y los resultados de la gestión, mediante la evaluación de planes, programas y proyectos, ejercida ésta a través de prácticas de auditoría.
Coordinación de Determinación de Responsabilidades
Tiene el objetivo de realizar las investigaciones de actos, hechos u omisiones que pudiesen constituir irregularidades administrativas y sustanciar el procedimiento correspondiente de carácter especial, para determinar la existencia de responsabilidad.