A partir del primer Censo oficial de población realizado en Venezuela en 1873, se incluyó a la población indígena en los operativos censales, pero registrada de forma muy insuficiente, incluso parcialmente contada, de acuerdo a la etnia, sin desagregación de ningún tipo.

A pesar de los esfuerzos desplegados en los sucesivos censos, no fue sino hasta 1926 cuando se contabilizó la población indígena y se determinó su distribución en los municipios del territorio nacional. La cifra total de población indígena fue 136.147 personas, de los cuales, sólo 15.192 indígenas fueron clasificados según el sexo y el resto fue incluido como "población no especificada".

En 1950 se dispuso la realización dentro del censo, de un estudio especial que permitiera incorporar la cifra de la población indígena, clasificada entonces en categorías establecidas de acuerdo a su "integración a la vida civil" y a su lugar de hábitat, a los resultados del Censo General de Población. Los resultados arrojaron la cifra de 98.682 indígenas de los cuales, 41.977 fueron censados directamente y los restantes 56.705, habitantes de áreas selváticas, fueron estimados, según la opinión de los especialistas participantes del programa.

Es precisamente a partir del Censo de Población de 1950 que se decide empadronar a la población indígena mediante un operativo especial y complementario al Censo Nacional, lo cual conllevó diferencias de hasta dos años en la fecha de referencia entre uno y otro censo (Censo Nacional y Censo Indígena), produjo solapamiento de la información e impidió calcular con un margen de error aceptable, el porcentaje de población indígena con respecto al total nacional y al total por entidad.

El estudio de 1960 totalizó la cifra de 75.604 indígenas, localizados por entidad federal.

En el Censo General de 1971, se incluyó a los "indígenas incorporados a la vida civil" residentes en localidades urbanas y en algunos otros lugares donde los empadronadores tuvieron acceso. Sin embargo, esta población está incluida en la población general, sin desagregar y por lo tanto, no es "visible".

En el Censo Indígena 1982, por primera vez se dividió el territorio nacional en zonas geo-étnicas y el programa, que tuvo una duración de dos años, se realizó con la participación de indígenas residentes en las zonas, quienes fueron por primera vez empadronadores. Los resultados obtenidos en este caso fueron más confiables que el resto de los censos precedentes debido a elementos fundamentales como el diseño metodológico, el enfoque conceptual y las técnicas de evaluación de cobertura utilizadas.

El Censo Indígena 1992 se realizó dos años después del Censo General. Este fue un proyecto especial, en el que participaron etnólogos especialistas y se incorporó a la población indígena en las labores de empadronamiento y supervisión de empadronamiento. En éste se censó casi la totalidad de la población indígena presente en áreas urbanas y rurales de las entidades federales donde se encuentran las zonas de ocupación tradicional de los Pueblos Indígenas de Venezuela.

En el programa de 1992 se diseñó, planificó y ejecutó por primera vez en la historia de los Censos Indígenas, el Censo Binacional de la Etnia Wayúu, población que representó el 54,5% del total de la población indígena del país y que ocupa ancestralmente en el Estado Zulia, la zona estratégica de la península de la Guajira, a ambos lados de la frontera entre Venezuela y Colombia.